Los focos afectados por seca responden a una serie de indicios, patrones y evidencias comunes que pueden ser utilizadas para descubrir la presencia del patógeno. La detección, diagnosis precisa e identificación de fitóftora se considera un aspecto fundamental para la propuesta de medidas de control que prevengan la dispersión del patógeno (1).
Podemos sospechar la presencia de fitóftora mediante la observación de las siguientes peculiaridades:
• Los árboles afectados aparecen a menudo en vaguadas y en zonas donde se acumula el agua durante los periodos de lluvia. En ocasiones, la presencia de capas de suelo impermeables favorecen un encharcamiento profundo que no se observa en superficie.
El foco avanza normalmente pendiente abajo en la dirección de las aguas, dejando los árboles muertos y más afectados pendiente arriba. A menudo, los focos pueden crecer de modo más o menos circular.
• Podemos observar síntomas en otras especies llamadas indicadoras, como las jaras o los brezos. También es indicativo la ausencia de síntomas en especies que parecen tener tolerancia a P. cinnamomi como el acebuche, el madroño o el romero.
• Otros factores que pueden causar la muerte de los árboles como la presencia de plagas, los incendios, inundaciones o sequías, toxicidades y daños debidos al uso pesticidas u otras enfermedades pueden inducir a error en el diagnóstico.
• Para la detección precisa y el aislamiento del fitóftora se debe recurrir a un laboratorio especializado en este tipo de patógenos.
Los árboles están próximos unos de otros formando un foco, aunque pueden encontrarse árboles con apariencia sana entre ellos.
Muerte súbita en árboles afectados por seca
¿Cómo se detecta fitóftora en el laboratorio?
Los métodos tradicionales de detección de fitóftora son los más utilizados, sin embargo en los últimos años se han incorporado otras técnicas que denominamos moleculares, basadas en el uso del ADN y los anticuerpos, y que han mejorado la sensibilidad en la detección de este patógeno.
Para detectar la presencia de fitóftora es necesario tomar muestras del suelo y de raíces. Hay que tener en cuenta que un muestreo insuficiente o en puntos inadecuados puede dar como resultado un falso negativo.
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Técnicas tradicionales
Phytophthora cinnamomi puede ser aislado del suelo si lo ponemos en condiciones de inundación y colocamos cebos vegetales como hojas tiernas de encina o raíces de altramuz (Lupinus). Si las zoosporas del patógeno están presentes atacaran el cebo provocando un cambio de aspecto y color en los tejidos. El material infectado se siembra en un medio de cultivo selectivo que permitirá aislar al patógeno e identificarlo morfológicamente. Las raicillas de las plantas infectadas pueden ser directamente cultivadas en estos medios selectivos.
Estos métodos son imprescindibles para aislar al patógeno vivo, sin embargo no sirven para obtener información cuando los niveles de población de fitóftora en el suelo son bajos. Para conseguir que la detección sea efectiva se deben tomar las muestras cuando la humedad del suelo y la temperatura están en óptimas condiciones (por ejemplo, en primavera después de las lluvias).
La falta de herramientas adecuadas para el diagnóstico de fitóftora puede ser una de las causas por la que los daños y desórdenes hayan sido atribuidos a otros patógenos o a causas abióticas (climáticas).(2)
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Técnicas moleculares (inmunología y ADN)
Los métodos inmunológicos se basan en la unión antígeno-anticuerpo y en el reconocimiento específico por parte del anticuerpo de ciertas moléculas presentes en el antígeno (fitóftora en nuestro caso).
Test inmunológico ELISA
Por el contrario, las técnicas genéticas (basadas en el ADN) han permitido detectar la presencia de fitóftora aún en cantidades de inóculo ínfimas sin necesidad de que el microorganismo esté vivo
Su especificidad se basa en las secuencias de ADN únicas existentes en el genoma de los organismos de una determinada especie. La técnica de referencia en genética es la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Con este método podemos obtener una cantidad detectable de ADN de fitóftora partiendo de tan solo unas copias de su material genético extraídas de la muestra de raíces o del suelo infectado.
Detección de fitóftora mediante PCR
Existen diversas variaciones de la PCR que mejoran su sensibilidad, como la PCR anidada que parece ser un método adecuado para la detección de fitóftora en los suelos (4), o bien la PCR en tiempo real que ha supuesto una mayor automatización de la técnica, una disminución de los tiempos de ensayo y un conocimiento de la cantidad de inóculo del patógeno presente en la muestra.
Otras técnicas más avanzadas se basan en la combinación de la PCR con la secuenciación (lectura) del ADN de diferentes zonas del genoma, lo que permite consultar las bases de datos genéticas (GenBank) para una identificación más precisa.
Referencias
(1) Cooke, D E L, Schena, L. & Cacciola, S.O., 2007. Tools To Detect, Identify And Monitor Phytophthora Species In Natural Ecosystems. Journal of Plant Pathology, 89(1), pp.13-28.
(2) Tsao, P.H., 1990. Why many phytophthora root rots and crown rots of tree and horticultural crops remain undetected? EPPO Bulletin, 20(1), pp.11-17.
http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2338.1990.tb01174.x
(3) O´Brien, P. a, Williams, Nari & Hardy, Giles E Stj, 2009. Detecting Phytophthora. Critical reviews in microbiology, 35(3), pp.169-81.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19624253 [Accessed December 14, 2010].
(4) Williams, N., Hardy, G. E. St. J. & O’Brien, P. a, 2009. Analysis of the distribution of Phytophthora cinnamomi in soil at a disease site in Western Australia using nested PCR. Forest Pathology, 39(2), pp.95-109.
http://doi.wiley.com/10.1111/j.1439-0329.2008.00567.x [Accessed December 14, 2010].